Originaire de Chagny où il était né le 15 mai 1920, Henri Bonnot entra au Petit Séminaire de Rimont en 1933. Il portait un intérêt plus particulier à l’étude des Lettres et il se trouvait spécialement à l’aise dans la réflexion philosophique. Au terme de ses études secondaires, il commença la théologie à Autun en 1940.

Les évènements de cette période troublée l’ont profondément marqué. Il fit l’expérience des camps de jeunesse en zone libre, et en 1943 se trouva désigné pour le S.T.O. En Allemagne. De cette époque il garda une certaine inquiétude : comment témoigner dans un monde déchristianisé ? Ce souci le hantait dans les différents ministères qui lui furent confiés par la suite.
Un prêtre qui l’a connu durant le temps d’exil en Allemagne a rappelé la place qu’a tenue pour eux l’Eucharistie, soutien de leur vie spirituelle. En effet, Henri Bonnot s’était chargé de porter la Communion en cachette à ceux qui n’avaient pu se joindre à la célébration de la messe, tout aussi discrète.

De tempérament peu expansif, Henri Bonnot ne refusait pas pour autant la jovialité et l’exubérance de ses camarades en réunion de cours, mais il restait de son côté, un peu secret, réservé.
C’est avec sérieux qu’il aborda les différents ministères qui lui furent confiés, de Lugny à Mâcon, puis Perrecy-les-Forges, Chalon et enfin Saint-Désert. Toujours le même regard lucide et une insatisfaction en face des problèmes pastoraux et de l’évolution des mentalités.

Pour rejoindre les jeunes, il accepta de les suivre sur le terrain de leur détente, le sport. Très vite lui fut confiée la tâche d’arbitre de foot. La même rigueur, le même souci de justice lui valurent d’être reconnu comme juge arbitre dans la région. Ses décisions étaient unanimement respectées.

S’il demanda à se retirer du ministère, il garda sur Lyon contact avec une communauté paroissiale : prêtres et fidèles ont tenu à en apporter le témoignage.